Los Programas de Ayudas a Proyectos de I+D+i son objeto de apoyo por parte de las distintas administraciones (autonómica, estatal y europea) utilizando instrumentos de incentivo que priman el riesgo técnico, la colaboración con otras empresas o centros de investigación, el número de participantes y el tamaño de la empresa.

En Andalucía, la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucia (IDEA) articula estas ayudas a través, entre otros, del programa de incentivos para el fomento de la innovación y el desarrollo empresarial (Orden de 9 de diciembre de 2008).

En el ámbito estatal, las ayudas más destacadas son las gestionadas por el Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), organismo dependiente del Ministerio de Ciencia e Innovación que es el principal gestor de las ayudas a la I+D empresarial de la Administración General del Estado. Entre estas ayudas destacan el Programa CENIT y los Convenios Bilaterales con Zonas Geográficas (Eureka, Iberoeka) o países estratégicos (India, China o Canadá).

En Europa, las referencias en Programas de Ayuda son el VII Programa Marco y el Programa Marco de Competitividad y Empleo (CIP).

Las modalidades de los instrumentos vienen definidas por las disponibilidades presupuestarias y por el objetivo del organismo otorgante de la ayuda, siendo los instrumentos más utilizados las subvenciones a fondo perdido, la financiación privilegiada (créditos reembolsables a bajo interés o nulo), la participación en el capital (préstamos participativos) y los incentivos fiscales (deducciones en la cuota del impuesto de sociedades). La compatibilidad de dichos instrumentos y sus características principales vienen definidas en las bases de la convocatoria de ayuda.

Las ayudas de forma general, y las dedicadas a apoyar la actividad de investigación y desarrollo en particular, suponen una excepción a la libre competencia, por lo que están reguladas por normativa genérica y por normativa específica de las diferentes administraciones. Son especialmente relevantes las condiciones fijadas por el Marco Comunitario de Ayudas a la Investigación y Desarrollo y por la Ley General de Subvenciones.